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El pueblo nació al calor de una capilla y alberguería allí establecidas en torno a 1115 por san Juan de Ortega. A medida que pasaban los años, las numerosas personas que acudían a venerar el cuerpo del fundador iban quedándose de modo permanente en las cercanías del hospital, siempre con la autorización de los canónigos que lo regían. Así, fue naciendo un núcleo de población que recibiría en 1202 un privilegio de Alfonso VIII. Este documento, que hacía «aforados» a los que moraban en el lugar y les daba libertades y normas para su gobierno, aunque les recordaba el vasallaje que debían al monasterio, ha sido considerado como el momento en que el pueblo queda constituido como tal, tomando el nombre del monasterio. Poco a poco el poblado fue creciendo y, cuando los jerónimos se establecieron en el monasterio, el obispo de Burgos se comprometió a alejarlo del convento, algo que nunca llegaría a realizarse.