Declarada conjunto histórico-artístico en 1961, la Ciudadela reúne restos de diferentes épocas y ocupaciones. La fortificación militar, con la monumental Puerta de Mar, es un recinto de 131.480 m2 de estilo renacentista que fue construido en 1543. Su interior constituye un importante yacimiento arqueológico en el que se encuentran los restos de la ciudad griega de Rhode, fundada en el 776 a.C. por los rodios; el barrio helenístico, que vivió su momento de máxima prosperidad en los siglos IV y III a.C.; la villa romana, fechada entre los siglos II a.C. y VI d.C.; el monasterio románico-lombardo de Santa Maria, del siglo XI, y los hallazgos del siglo XIX.