La iglesia mayor cusqueña, nacida tras la conquista y fundación española de la ciudad, tuvo dos emplazamientos antes de levantarse sobre su ubicación actual. En octubre de 1534, el primer cabildo le asignó el sitio que ocupa hoy la iglesia del Triunfo, sobre el antiguo Sunturhuasi. Mas debido a su pequeñez, en 1541 se decidió otorgarle un sitio más amplio en la zona de Cusipata, frente al mercado y al convento de los mercedarios. Sin embargo, esta cercanía resultó inconveniente y en 1552 fueron adquiridos los terrenos del Quishuarcancha o palacio de Huiracocha, junto al primitivo templo.

En 1559 se colocó la primera piedra y fue llamado el arquitecto Juan Miguel Veramendi, residente en Chuquisaca, para dirigir las obras. Poco después, Juan Correa continuó los trabajos hasta 1564 en que se interrumpieron por escasez de fondos. Hacia 1585, el maestro extremeño Francisco Becerra -constructor de la Catedral de Lima- probablemente ejecutó la traza definitiva.