Por su antigüedad y funciones, la Prefectura Naval ha constituido a través de los años avanzadas de soberanía en distintos puntos del litoral marítimo y fluvial del país. Al abrigo de sus más antiguas dependencias, simultanea y posteriormente, se fueron conformando los núcleos urbanos de lo que hoy son importantes ciudades. Es natural, por lo tanto, que su historia se enraíce profundamente con los lugares y comunidades donde se asientan, y hayan sido participes o testigos de su nacimiento y evolución.

Y es así que, para dar testimonio de una parte de esas historias regionales, se crea el 25 de Agosto de 1995 un museo en la Prefectura Carmen de Patagones, que durante el siglo XIX fuera a la vez frontera y umbral de la entonces casi desierta Patagonia. Este Museo es formalizado el 30 de Abril de 1998 con la denominación de “MUSEO CARMEN DE PATAGONES DE LA PREFECTURA NAVAL ARGENTINA “